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LY/T 3191-2020 林木DNA条形码构建技术规程BioEdit或DNAStar的Seqman5.3软件(Lasergene,Madison,USA),选定一个方向作标准,双向校准序列, 编辑后保存为FASTA格式文档。条件允许的情况下,建议全部双向测序,以保证准确性。所得序列可 提交至GenBank中,并获得相应的序列号以供使用与核查。对于已初步编辑好的DNA序列,可导入 ohylotools软件,获取群落水平上的系统发育关系,进而用于群落系统发育分析。详见附录IV
9系统发育关系构建方法
LY/T 31912020
一个比较成熟的参数估计的统计学方法,在系统发生树重建方法中属于一类完全基于统计学构树的 代表,该方法明确地使用核苷酸替换的概率模型,在每组序列比对中考虑了每个概率,寻找能够以较高 概率产生观察数据的系统发生树。当前,主要有PhyML和RAxML等一些最大似然树构建程序和软件。 9.6贝叶斯法BayesianInference 已知类条件概率密度参数表达式和先验概率,利用贝叶斯公式转换成后验概率,根据后验概率大小 进行决策分类。如MrBayes软件
录I(规范性).CTAB法提取植物DNA的技术步骤
LY/T31912020
富含多糖、多酚类物种(如樟科、桑科植物)DNA时,可在步骤1之前增加冰浴环节以减少影响。
附录II(规范性)不同引物测序策略
CECS 28-2012 钢管混凝土结构设计与施工规范LY/T31912020
附录IV(资料性).不同DNA条形码片段的序列编
附录V(资料性).常用的系统发育关系构建方法
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